软件星级:4分
标签: 数据分析
Arlequin是一款遗传学分析管理工具,通过此软件能够帮助我们对相关数据进行快速分析和管理,更有效更快地读取长DNA序列,Arlequin现在可以读取多达100万个字符的行,删除了xml文件中的非法字符,软件简单又实用,大大提高了工作效率,有需要的朋友赶紧下载吧。
1、Arlequin配置。
2、可以按“编辑项目”按钮编辑项目。
3、左侧列中有相应的组标识符。
4、将项目文件加载到Arlequin中。
5、如果项目文件有效,则其主要属性将显示在“项目”选项卡中。
标准指数
一些多样性测量,如多态性位点的数量,基因多样性。
分子多样性
计算几个多样性指数,如核苷酸多样性,群体参数θ的不同估计量。
不匹配分布
单倍型之间成对差异数量的分布,可以估计人口统计学(新)或空间人口扩张的参数
单倍型频率估计
通过最大似然法估计群体中存在的单倍型的频率。
配子相位估计(新)
估计最喜欢的游戏阶段
使用伪贝叶斯方法(ELB算法)的多基因座基因型。
连锁不平衡
在不同位点测试等位基因的非随机关联
无法打开批处理(.arb)文件
当(假设祖先等位基因0)在一个站点不存在时,SFS计算不良
由arlequin和fastsimcoal2生产的不同SFS(主要用于基于MAF的SFS)
如果文件名超过255个字符,则会出错
在arlequin日志文件中没有提到SFS计算