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Cytospace是一款能够让我们对开源网络进行快速分析和管理的工具，通过该软件能够让我们可以对相关数据进行快速分析，支持多种网络描述格式，也可以用以Tab制表符分隔的文本文档或MicrosoftExcel文件作为输入，有需要的朋友赶紧下载吧。

Cytospace使用教程

1、安装并打开Cytoscape。

2、导入蛋白质互作网络数据库中参考物种的蛋白互作网络。

3、选择每一列数据的属性，包括Source Node、Interaction Type、Target Node、Edge Attribution、Source Attribution、Target Attribution等，同时对应不同颜色和图标标记。

4、导入后，右上部窗口内展示蛋白互作网络图，右下部为网络图的相关节点 (Node) 及边 (Edge) 的数据信息。左侧为导入的网络目录和网络属性 (Style) 设置菜单。

5、从公共数据库中获得参考物种的蛋白互作网络

6、要导入某个物种的蛋白质互作网络：选择物种和想要查看的数据库，搜索包含该物种蛋白互作网络的数据库，导入数据（时间稍长）。

Cytospace软件特色

会话文件

你可以通过一键保存你的工作。所有的设置、数据文件和可视化都打包在一个会话文件中。它被称为Cytoscape会话（.cys）文件。Cytoscape 会话文件包括网络、属性(节点/边缘/网络)、桌面状态(选择/隐藏节点和边缘、窗口大小)、属性、一些插件状态和可视化风格。

布局

在二维空间布局网络。 有多种布局算法可供选择，包括循环、树形、力导向、边缘加权和yFiles有机布局。您也可以使用类似于其他图形应用程序用户界面的手动布局工具。

图像导出

您可以将网络导出为可发布的高质量图像。支持PDF、PS、SVG、PNG、JPEG和bmp文件。矢量图像（PDF和PS）可以通过其他应用程序（如Adobe Illustrator）进行修改，以进一步增强。

VizMapper

使用强大的VisualStyles自定义网络数据显示。在网络上查看基因表达比和p值的叠加。 表达数据可以根据用户配置的颜色和可视化方案，映射到节点颜色、标签、边界厚度或边界颜色等。

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